Dos clubes más lograron su clasificación a los cuartos de final de la Copa Aguila 2017, al ganar sus series después de disputar los partidos de vuelta en los octavos de final.
Junior venció 3-0 al Once Caldas en el Metropolitano de Barranquilla, y selló su paso a la siguiente ronda con global de 4-0 a favor.
Por esa misma parte del cuadro, Millonarios y Alianza Petrolera empataron 2-2 en Barrancabermeja. Los embajadores avanzaron en la confrontación, con resultado general de 4-2.
