Quedaron definidos los 12 clubes clasificados a la Fase II de la Copa Águila 2016, los cuales disputarán esa instancia, junto con los 4 clubes que fueron sembrados en dicha ronda; 3 de ellos por su participación de la Copa Libertadores, y el otro por ser el último campeón de esta competencia que reúne a los clubes de la Categoría A y B.
Como primeros de sus grupos clasificaron: Real Cartagena, Medellín, Cúcuta, Pasto, América, Patriotas, Millonarios y Quindío. Mientras que Tolima, Valledupar, Envigado y Equidad avanzaron como mejores segundos.
El grupo de 16 clasificados lo completan los sembrados Nacional, Cali, Santa Fe (participantes en Copa Libertadores) y Junior (Último campeón de la Copa Águila).
El próximo 29 de mayo, se realizará el sorteo para definir los enfrentamientos de los octavos de final. Los clubes que clasificaron como primeros de sus grupos serán cabezas de serie, y por sorteo les asignarán su rival, que saldrá de los 4 mejores segundos y los 4 sembrados. Los cabezas de serie comenzarán estos enfrentamientos como visitantes y cerrarán como locales.