Desde hace seis años, las emisiones de carbono ligadas a los viajes de reconocimiento, a la organización, a los competidores, a los transportes, a la logística, están íntegramente compensadas. Estas representan 15 500 toneladas de equivalente CO2, es decir el 48% del total de las emisiones ligadas directa o indirectamente al rally. Para esto, el Dakar participa desde hace 6 años al proyecto ambiental Madre de Dios. Desde el 2011 el Dakar lleva invertidos 635 000 US$. Con la lucha contra la deforestación en Amazonia peruana, Madre de Dios permite salvar cerca de 120 000 hectáreas de bosque que estarían destruidos en los próximos diez años.
Los sitios arqueológicos y paleontológicos son uno de los tesoros de América latina. Para la preparación del recorrido se necesita una estrecha colaboración entre los equipos del rally y las autoridades concernientes por estas cuestiones ambientales y culturales. Es así como en Bolivia, este trabajo se realiza en coordinación con los ministerios de la cultura y del medio ambiente y que en Argentina, esta concertación se organiza con todos los servicios concernientes de cada una de las provincias por donde pasa la competencia.
Se realiza un estado del lugar después de cada bivouac en presencia de las autoridades gubernamentales.
La clasificación selectiva se realiza en todos los bivouacs.
El tratamiento de desechos de tipos particulares lo realizan empresas acreditadas. Así, durante la edición 2016 se trataron 14 toneladas de aluminio, 5 toneladas de cartones y papeles, 7 toneladas de vidrio, 6 980 litros de aceite y 49 toneladas de filtros, neumáticos y piezas mecánica diversas.